生物信息学 8年制第2版 规划教材_李霞,雷健波2015P526书签

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内容简介
,李霞、雷健波主编的这本《生物信息学(第2版) 》教材仍坚持“三基”、“五性”原则,并力求在内 容和形式上有所创新。使教材具备相对系统、全面的 生物信息学知识体系;突出实用性,以临床实际问题 作为编写出发点;简化算法流程,突出应用软件和网 络资源;贴合前沿技术、方法,增加国内外研究热点 知识;主要培养长学制学生运用生物信息学方法解决 临床问题、进行科研设计的能力。

《生物信息学(第2版)》精简基础内容,合并上 一版内容相近或有较大关联的章节;结合实际应用, 增加前沿新知识、新技术章节。全书共分为三篇十五 章。第一篇生物信息学基础,含DNA、RNA和蛋白质序 列信息资源、序列比对、序列特征分析、分子进化分 析、基因芯片数据分析五章,均系生物医学相关领域 发展过程中形成的基础生物信息数据及分析方法,合 并第一版“双序列比对”、“多序列比对”两章为“ 序列比对”,合并“序列特征分析”、“表达序列分 析”两章为“序列特征分析”;第二篇功能基因组信 息学,含蛋白质组与蛋白质结构分析、基因注释与功 能分类、转录调控的信息学分析、生物分子网络与通 路和计算表观遗传学五章,均系功能基因组研究中颇 具特色的生物信息学方法,合并第一版“蛋白质分析 与蛋白质组学”、“蛋白质结构分析”两章为“蛋白 质组与蛋白质结构分析”;第三篇生物信息学与人类 复杂疾病,含复杂疾病的分子特征与计算分析、非编 码RNA与复杂疾病、新一代测序技术与复杂疾病、药 物生物信息学、生物信息学相关学科进展五章,均系 近年发展起来的与复杂疾病有关的重要生物信息学方 法,新增非编码RNA与复杂疾病的生物信息学研究、 新一代测序、“组学”研究等前沿热点。,
作者简介
,绪论

第一节 生物信息学的兴起

第二节 生物信息学的内涵及其在生命科学中的应用

一、生物信息学的内涵

二、生物信息学在现代生物医学中的应用

第三节 大数据时代的生物信息学与医学

一、人类基因组计划

二、组学与生物信息学

三、大数据时代的生物信息学与医学

第一篇 生物信息学基础

第一章 生物序列资源

第一节 引言

第二节 NCBI数据库与数据资源

一、NCBI序列数据库概述

二、NCBI中的重要子库介绍

第三节 UCSC基因组浏览器与数据资源

一、UCSC概述

二、UCSC基因组浏览器

三、UCSC中的数据资源和常用工具

第四节 EMBL-EBI数据库与数据资源

一、EMBL-EBI数据库概况

二、EMBL基因组和核酸序列资源

三、UniProt蛋白质数据资源

四、Biomart数据检索平台

第五节 重要的非编码基因数据库

一、ENCODE数据库与数据资源

二、microRNA数据资源miRBase

小结

第二章 序列比对

第一节 引言

一、同源、相似与距离

二、相似与距离的定量描述

三、算法实现的比对

四、序列比对的作用

第二节 比对算法概要

一、替换计分矩阵

二、双序列全局比对

三、双序列局部比对

四、多序列全局比对

五、多序列局部比对

六、比对的统计显著性

第三节 数据库搜索

一、经典BLAST

二、衍生BLAST

三、BLAT

四、RNA序列搜索

五、数据库搜索的统计显著性

第四节 比对软件、参数与数据资源

一、参数选择的一般原则

二、主要比对软件

三、EBI中的序列比对工具

四、UCSC中的BLAT比对工具

第五节 比对技术的发展

—、glocal比对

二、全基因组比对

小结

……

第三章 序列特征分析

第四章 分子进化分析

第五章 基因表达数据分析

第二篇 功能基因组信息学

第六章 蛋白质组与蛋白质结构分析

第七章 基因注释与功能分类

第八章 转录调控的信息学分析

第九章 生物分子网络与通路

第十章 计算表观遗传学

第三篇 生物信息学与人类复杂疾病

第十一章 复杂疾病的分子特征与计算分析

第十二章 非编码RNA与复杂疾病

第十三章 新一代测序技术与复杂疾病

第十四章 药物生物信息学

第十五章 生物信息学相关学科进展

中英文名词对照索引

英中文名词对照索引

致谢,绪论

第一节 生物信息学的兴起

第二节 生物信息学的内涵及其在生命科学中的应用

一、生物信息学的内涵

二、生物信息学在现代生物医学中的应用

第三节 大数据时代的生物信息学与医学

一、人类基因组计划

二、组学与生物信息学

三、大数据时代的生物信息学与医学

第一篇 生物信息学基础

第一章 生物序列资源

第一节 引言

第二节 NCBI数据库与数据资源

一、NCBI序列数据库概述

二、NCBI中的重要子库介绍

第三节 UCSC基因组浏览器与数据资源

一、UCSC概述

二、UCSC基因组浏览器

三、UCSC中的数据资源和常用工具

第四节 EMBL-EBI数据库与数据资源

一、EMBL-EBI数据库概况

二、EMBL基因组和核酸序列资源

三、UniProt蛋白质数据资源

四、Biomart数据检索平台

第五节 重要的非编码基因数据库

一、ENCODE数据库与数据资源

二、microRNA数据资源miRBase

小结

第二章 序列比对

第一节 引言

一、同源、相似与距离

二、相似与距离的定量描述

三、算法实现的比对

四、序列比对的作用

第二节 比对算法概要

一、替换计分矩阵

二、双序列全局比对

三、双序列局部比对

四、多序列全局比对

五、多序列局部比对

六、比对的统计显著性

第三节 数据库搜索

一、经典BLAST

二、衍生BLAST

三、BLAT

四、RNA序列搜索

五、数据库搜索的统计显著性

第四节 比对软件、参数与数据资源

一、参数选择的一般原则

二、主要比对软件

三、EBI中的序列比对工具

四、UCSC中的BLAT比对工具

第五节 比对技术的发展

—、glocal比对

二、全基因组比对

小结

……

第三章 序列特征分析

第四章 分子进化分析

第五章 基因表达数据分析

第二篇 功能基因组信息学

第六章 蛋白质组与蛋白质结构分析

第七章 基因注释与功能分类

第八章 转录调控的信息学分析

第九章 生物分子网络与通路

第十章 计算表观遗传学

第三篇 生物信息学与人类复杂疾病

第十一章 复杂疾病的分子特征与计算分析

第十二章 非编码RNA与复杂疾病

第十三章 新一代测序技术与复杂疾病

第十四章 药物生物信息学

第十五章 生物信息学相关学科进展

中英文名词对照索引

英中文名词对照索引

致谢

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